Avtalet om att skapa en av världens största frihandelszoner förseglades i januari efter mer än 25 år av intermittenta förhandlingar.
Avtalet, som eliminerar tullar på mer än 90 procent av handeln mellan de två sidorna, har visat sig splittrande i Europa, där Frankrike leder oppositionen över farhågor om att några av dess bönder kommer att lämnas sämre.
Men – med stöd av en majoritet av EU-länder – plöjde Bryssel framåt när man strävar efter att diversifiera handeln inför utmaningarna från USA och Kina.
”Mycket arbete har lagts ner på att få detta landmärkeavtal över gränsen; nu är det dags att investera samma ansträngning för att se till att våra medborgare och företag skördar dess fördelar omedelbart”, säger EU-kommissionens chef Ursula von der Leyen.
”Från dag ett sänks tarifferna och nya marknadsmöjligheter öppnas.”
För att uppmärksamma dagen kommer EU-cheferna von der Leyen och Antonio Costa att hålla onlinesamtal med ledare från Mercosur-länderna, som inkluderar Argentina och Brasilien.
Tillsammans står EU och Mercosur för 30 procent av den globala BNP och mer än 700 miljoner konsumenter.
Avtalet gynnar europeisk export av bilar, vin och ost, samtidigt som det gör det lättare för sydamerikanskt nötkött, fågel, socker, ris, honung och sojabönor att ta sig in i Europa.
Tillämpningen av avtalet kommer efter att EU-parlamentet hänvisade det till EU:s högsta domstol i januari, istället för att ge det grönt ljus.
Frankrike försökte utan framgång blockera affären över oro för sina bönder, som fruktar att bli underskurna av billigare varor från jordbrukskraftverket Brasilien och dess grannar.
Det starka franska motståndet mot pakten orsakade en offentlig brytning med Tyskland och ställde EU:s två största länder mot varandra.
Samtidigt som man har sett ut att avsluta Mercosur-avtalet har EU också plöjt vidare med andra avtal för att komma närmare andra viktiga marknader som Indien, Australien och Indonesien.
