I år fick SJ endast ett betyg på 55,6 av 100 i en årlig kundnöjdhetsundersökning av transportbranschen från Svenskt Kvalitetsindex (SKI).
Enkäten inkluderade frågor om flyg-, järnvägs- och vägtrafik, inklusive taxi och bussar.
SJ:s poäng sjönk åtta poäng från de 63,1 man fick förra året.
– Det är uppenbarligen ett mycket nedslående resultat för oss, och det här är en studie vi tar på största allvar, säger SJ-talesperson Dag Rosander om företagets låga poäng till nyhetsbyrån TT.
Han tillade att han var ”något överraskad” över resultatet eftersom SJ:s punktlighet faktiskt har förbättrats och företagets egna kundundersökningar tyder på en uppåtgående trend.
Poängen för järnvägsbranschen som helhet sjönk också under 60, vilket är ”en stark signal om att kunderna verkligen är missnöjda”, enligt SKI.
Av de cirka femtio branscher som SKI granskar varje år är en poäng under 60 högst ovanlig, tillade SKI.
Det skandinaviska flygbolaget SAS, som visade en markant förbättring förra året genom att stiga fyra punkter till 64,5 procent, sjönk tillbaka till 61,2 i 2009 års undersökning, nära tidigare nivåer.
Skyways fick också ett svagt betyg på 60,9.
Bland flygbolagen fick Malmö Aviation och Sverigeflyg, där Gotlandsflyg, Sundsvallsflyg och Kalmarflyg ingår, de högsta kundbetygen med 70,2 respektive 69,4.
Svenska bussbolag har också haft svårt att hålla åkarna nöjda, enligt undersökningen.
Swebus Express föll från 70,2 i fjol till 63,7 i år. Bland ”andra bussbolag”, som inkluderar pendelbusslinjer, sjönk kundnöjdheten från 73,9 till 65.
Den enda transportsektorn som uppvisar en ökad kundnöjdhet är resor med taxi, som kröp upp från 68,8 förra året till 71,3 år 2009.
SKI har sedan 1989 regelbundet genomfört kundnöjdhets- och kvalitetsutvecklingsundersökningar i ett 50-tal olika branscher.
Den senaste genomgången av transitbranschen är baserad på svar på 3 100 intervjuer som genomfördes mellan 27 oktober och 4 november.
